Xserve : le bon génie de la Pomme

Les quatre membres de l’équipe BioTeam sont des chercheurs reconvertis aux technologies de l’information. Aujourd’hui consultants, ils travaillent au sein d’un réseau informel et s’attaquent à un souci récurrent des entreprises de biotechnologies : faire des économies. Michael Athanas, Chris Dagdigian, William Van Etten et Stan Gloss ont ceci de particulier qu’ils ne proposent pas de solutions basées sur une plate-forme en particulier, mais qu’ils s’adaptent aux besoins et contraintes de leurs clients, passant allègrement d’un environnement Unix ou Windows à Mac OS. Ils ne sont d’ailleurs pas les seuls à considérer la plate-forme Apple au même titre que les autres : Conduit Systems agit à l’identique et, chiffres à l’appui, assure que près de 25 % de sa base de clients tournent sur une plate-forme estampillée de la Pomme. Un chiffre qui serait en augmentation. Selon son vice-président, Dan Tully, le coût d’utilisation des machines (coûts de support compris) milite de plus en plus en faveur des Mac. « J’explique à mes clients que je gagnerais plus d’argent en leur assurant un support technique dans un environnement purement Windows. Cela attire leur attention et les conduit à penser au Mac », a-t-il indiqué la semaine dernière à nos confrères de MacCentral. Chez BioTeam, le raisonnement diffère quelque peu : eux cherchent d’abord à faire le choix de la meilleure technologie, en dehors de toute influence d’un environnement ou d’un constructeur. « Si un client utilise énormément BLAST (logiciel de décodage du génome humain, utilisé par les spécialistes du domaine, Ndlr) et des recherches de ce type, je lui recommande plus volontiers le Xserve, parce que les performances sont jusqu’à cinq fois plus élevées. Si au contraire je dois prévoir quelque chose qui exige énormément d’espace mémoire, je ne prendrai en considération ni Dell, ni Apple. Je proposerais plutôt du Sun ou de l’Alpha », indique ainsi Dagdijian sur le site de Bio IT World. Dagdijian n’est pas le premier à monter au créneau de cette manière et à mettre en avant les performances de BLAST sur Mac. La version Mac OS X, développée en collaboration avec le laboratoire Genentech (voir édition du 21 novembre 2002) séduit peu à peu le monde scientifique.

Pour ce qui est des solutions sur Mac, Bioteam paraît en connaître un rayon. La firme a déployé un cluster de 85 Xserve à Singapour, tournant sur 150 processeurs. Les clusters Mac commencent donc à foisonner dans de nombreux domaines de recherche. Il y a peu, c’est la NASA (voir édition du 19 novembre 2002) qui annonçait avoir mis en place ce type de grappes de machines réunies en réseau. Van Etten, le « monsieur Macintosh » de l’équipe, a porté le logiciel de traitement en parallèle de Sun, GridEngine, un logiciel Open source, sur Mac OS X. Déployé sur un cluster de cinq noeuds et dix processeurs pour l’Université A&M du Texas, la solution fait notamment tourner BLAST. Mais pas seulement : en fait ce sont près de 200 applications auxquelles ont accès les chercheurs, grâce à un autre outil, PISE, développé au sein de l’Institut Pasteur par Catherine Letondal. PISE, un développement lui aussi en Open source, fournit aux chercheurs le moyen d’accéder à leurs logiciels préférés par le biais d’une interface.

Une interface homogène

L’Institut Pasteur s’est ainsi rendu compte que autant les développeurs adoraient Unix, autant les chercheurs ne désiraient pas y accéder par le biais de la ligne de commande, généralement privilégiée par les informaticiens. PISE sert ainsi d’intermédiaire entre les développements des uns et leur mise en oeuvre par les autres. « Ce qui sert avant tout aux utilisateurs est d’avoir une interface homogène à différents programmes », nous a précisé Catherine Letondal. Et d’ajouter que PISE permet en plus de faciliter le transit des informations d’une application à l’autre. « Cela facilite l’exploration et le travail de ‘collage’ d’un traitement à l’autre. » Et les travaux de Mme Letondal pourraient bien être utilisés encore plus largement sur Mac dans d’autres entreprises de biotechnologies sous peu : Bioteam a en effet développé les routines nécessaires pour mettre en place un cluster par le biais d’un bootstrapping. Le premier Xserve démarre ainsi sur un simple iPod sur lequel les informations et les routines nécessaires à la mise en place du cluster sont stockées et sert de tête de pont pour la mise en place finale de la grappe de machines. En utilisant cette technique, Bioteam est capable de mettre en place un cluster en quelques dizaines de minutes, là où il faut quelques heures et parfois même quelques semaines ou mois habituellement. L’équipe a appelé cette solution « iNquiry ». Résultat : à BioIT World, BioTeam a montré un cluster utilisant l’interface Web de PISE et permettant aux chercheurs de ne plus être freinés par leur niveau variable de compétences informatiques. Et les différents membres d’expliquer en substance que dans le monde des biotechnologies, les chercheurs doivent d’abord se concentrer sur leurs activités de recherche et non sur les outils qu’ils utilisent pour parvenir à leurs résultats : « Le matériel coûte finalement si peu cher, qu’il s’agit d’une question annexe. » Mais l’emploi de solutions permettant d’accélérer la mise en place des outils des chercheurs s’avère, elle, bien plus cruciale. Et dans ce domaine, tant Xserve que PISE se montrent particulièrement efficaces.